健保資料庫論文從 0 到 1,兩年的真實報告。

 

作者:大林慈濟醫院 一般外科 陳建翰 醫師

相關文章:[快訊] 陳建翰醫師研究「異時性對側腹股溝疝氣」之發生率與危險因子的健保資料庫論文,獲 PLOS ONE 刊登!

 

 

01_chenjh_share03

 

 

達成個人里程碑

 

半夜起床泡牛奶給小孩時,我會順手檢查電子郵件,然後倒頭就睡。但是在 2016 / 9 / 8 凌晨,習慣性地做了這個動作,差點睡不著⋯(原因請見下圖)

 

 

02_chenjh_share03

 

 

終於,從 0 踏上了 1,這條路,走了整整兩年!

 

 

講古 (once upon a time)

 

回想 2014 年參與《健保資料庫工作坊》,昭慶醫師與育群醫師把健保資料庫的優、缺點闡述的非常清楚。當時我剛升主治醫師,正開始做腹腔鏡疝氣手術,文獻中關於疝氣復發率,腹腔鏡與傳統手術差不多、甚至更好。但是進一步觀察,文獻的個案數多為幾百人到幾千人,追蹤期為 2-5 年;而個案數與長期追蹤正是健保資料庫的優勢!

 

於是,課程結束前,我已經在紙上寫下資料取出流程與實驗設計(所以下午的課都沒認真上⋯)。回醫院後便著手申請資料,同時與有經驗的同事討論,確認自己的想法問題不大後,開始了邊做邊寫的日子。

 

 

從喜悅的起步回到逐一解題的現實

 

從設想開始做,新思惟課程提供的 MySQL 程式套組非常有用,查出 ICD code、找到 ICD-9 與手術處置碼轉換的對照表(健保署有,但現在是 ICD-10了),套上程式碼、結果就出來了!

 

原以為這樣就完成一半了,但開始寫文章才發現,我還在起點附近⋯

 

首先,得想辦法解決年齡問題,然後要解決 end point(疝氣復發、這套組有),最後還有死亡的問題。死亡的問題比較麻煩,因為需要承保檔,摸索了一陣子後都逐一克服了。

 

接著是相關合併症的分組,這下就頭大了,因為套組裡面只有向後追的東西,沒有向前回溯的部分,只好思考並上網找方法,這部分包括 Charlson Comorbidity Index。靠學長提醒找到了診斷碼,查程式碼要怎麼寫、分組指令 (case when) 要怎麼用。

 

 

初步成就 get

 

有初步結果後便模仿工作坊的範例論文,做成表格與存活曲線圖,然後就可以投稿、出國發表囉!2015 年,我用這個研究幫我與學長拿到去紐約的門票,參加在紐約舉辦的 Minimally Invasive Surgery Week 2015

 

 

03_chenjh_share03

 

 

被退稿

 

抱著自己的文章一定超棒的自我優越感(18 萬人、追蹤 10 年耶),文章寫好後開心地投到疝氣的專門期刊:Hernia,心想這一定馬上會被接受的。

 

三個月後,回信來了,直接 Reject!裡面寫的大多是資料庫的先天弱點,比如 ICD-9 codes 的取出問題、對 Secondary Data 的不信任,甚至有連英修後也無法辨認的句子等等問題。

 

個人認為其中最大的問題是:單側疝氣復發的定義(ICD-9 無法分辨左、右側)。我開始思考,要如何克服這個限制?那把單雙側分開來好了!雙側疝氣復發相對簡單又準:開完後的下一次就是復發。於是重新跑資料、寫文章,投稿到 PLOS ONE。沒想到還是被退稿!

 

 

心情跌落谷底

 

此時心灰意冷地想放棄這個主題了!可是,單側很多耶、將近 20 萬筆,這麼大的數量實在是很難抵擋的誘惑。單側復發不好掌握,不然我們改觀察「對側」需要開刀的時間與機會。又是重跑資料、寫文章,2015 年 12 月,匆忙中再次投稿到 PLOS ONE

 

投稿後才發現心急之下,有好多地方做得不好,包括贅字、圖表、成果都沒有反覆確認。又剛好遇上 PLOS ONE 大缺 editor 的時期,所以文章就這樣被卡住了(將近一年後才收到被 reject 的回信)。

 

此時我已經完全喪失寫作動力,這種感覺很可怕,怎麼寫都寫不出東西、怎麼改都被當成是垃圾!

 

 

事有轉圜,出現轉機。

 

回頭看,2016 年初是一個關鍵時間點,我跟受訓回來的學長聊到這篇文章,打趣地跟學長說:「不然你來寫寫看,我資料都跑好了。」學長說:「那你把資料給我看看。」

 

文獻上對於進行兒童單側疝氣修補手術時,是否同時探查對側狀況的爭論已久。一般認為之後可能發生對側疝氣的機率超過 10% 之狀況,才值得進行對側探查。文獻顯示這種狀況的發生率為 5.76% 到 7.3%,因此一般的孩子大多數不建議做對側探查(2 歲以下、早產或有其他問題的兒童則需要,因發生率較高)。

 

我們跑出來的最後成果雖然也呈現出「年紀越低、機會越高」,但是在發生率上卻與過往文獻不同。我們的資料顯示,之後發生對側疝氣的機率在 4-5 歲兒童就已有 10.7%,6 個月到 1 歲幼兒的發生率甚至高達 18.9%。我們用這個資料,發表到在夏威夷進行的 2016 年環太平洋小兒外科醫學會 (PAPS)。

 

 

04_chenjh_share03

 

 

投稿到國際會議後之曙光乍現

 

投稿被 PAPS 接受後,收到一封標題為「Invitation to Submit your Manuscript」的電子郵件:

 

 

05_chenjh_share03

 

 

這下學長的興趣就來了,因為 Journal of Pediatric Surgery 可是小兒外科的頂尖期刊,若能獲得刊登對小兒外科醫師來說就像內科登上 NEJM、外科登上 Annals of Surgery 一樣酷。

 

定神一看,只有兩週時間耶!就在超趕的時間壓力下,兩個爸爸幾乎是拋家棄子地寫,學長負責 Introduction 跟 Discussion,我則負責 Methods、Results 與圖表的製作及美化。還有一位從南非回來、英文已是第二母語的學長負責校稿。就這樣,兩個禮拜內,搞定。

 

 

不放棄地再次從失敗中學習

 

PAPS 會議結束後兩週,我們收到回函,竟是又一次的 Reject!

 

仔細觀看 reviewer 的回覆內容,扣除掉質疑資料庫文章的部分,就是質疑我們的分析中有雜入腹腔鏡的修補,覺得這個會影響結果。於是我們排除腹腔鏡、重新整理文獻與寫作、送英修,最後投到對資料庫友善的期刊:PLOS ONE

 

這次,就中了!

 

 

0 1 的個人體悟

 

反覆思量這兩年的經驗,我萃取出四件很重要的事,跟大家分享:

 

  1. 趕快開始:很感謝新思惟的《健保資料庫工作坊》,課程中學到的觀念、實作時的軟體組合與程式碼,讓我在跟國衛院申請資料時有自信、不手軟。重點是上手容易,資料庫一拿到手、初步結果很快就出來了,此時心情真的很像蝴蝶在飛舞!
  2.  

  3. 老實練五遍:這是張俊鴻醫師在《青年醫學研究論壇 2016》提到的概念,我完全認同。我另外補充,就是這過程有些難熬、甚至可能徒勞無功,譬如努力後卻換來數次的 reject。從 0 到 1 的路上,還有好多事情得自己摸索,譬如有些程式碼需要想關鍵字上網搜索,找到感覺適合的就拿回來用用看,這過程有時令人感到「藍瘦、香菇」!然而一旦跨過某個門檻,就會開始感到事情跟以前不太一樣了。換個變項只需要幾分鐘,可以開始與其他同好討論,能快速產出夥伴需要的資料,這種流暢感會讓人沉迷、享受,並且想要挖得更深、走得更遠!
  4.  

  5. 慢慢來、比較快:文章完成後,就會想趕快登出。看到許多校友不斷有文章發表,自己也會越來越著急,然後就亂了套。收到 reviewer 的負面回覆便感到心浮氣躁而亂寫亂套。發現有此症狀時,建議先冷靜幾天。之後找個適當時機重新審視文章,並針對 reviewer 的要求修改、回覆!這樣,或許可以讓文章發表過程更加順利。
  6.  

  7. 團隊力量大、永遠不放棄:在吃了幾次的 reject 後,對自己信心全失,覺得自己的 idea 太爛、data 太爛、文筆太爛,甚至好幾次在深夜裡懷疑自己做研究的資格。然而,感謝我的學長(本篇文章的第一作者李醫師),經過討論、分工合作、分擔彼此的工作與家庭壓力下,這篇文章才能獲得刊登。

 

從 0 到 1 的過程很難熬,絕對不好走。不過,一旦走過,驀然回首,一切都是甘甜且愉悅的過程!

 

 

06_chenjh_share03

 

 

最後,還有個好消息是,起初那篇心灰意冷的母文章(雙側腹股溝疝氣),最近也被接受了。

 

 

07_chenjh_share03

 

 

最新活動

 

 

本篇發表於 2014 / 10 / 12 (日), 傑出榮耀 並標籤為 , , , , , , , , , 。將永久鏈結加入書籤。